Sposoby molekularnych analiz kwasów nukleinowych w badaniach środowiska glebowego

gleba, DNA, techniki molekularne, PCR, mikroorganizmy glebowe

Kwas dezoksyrybonukleinowy jest powszechnie obecny w środowisku glebowym, stanowiąc informację genetyczną niezbędną do określenia bioróżnorodności środowiska. Rok 2010 został ogłoszony przez ONZ Rokiem Różnorodności Biologicznej, tym samym zwracając uwagę, iż nie można już dłużej pomijać tak ważnego, lecz często zapominanego aspektu różnorodności biologicznej - bioróżnorodności gleby. Wiedza dotycząca bioróżnorodności mikroorganizmów jest ciągle ograniczana, głównie przez fakt, iż tylko około 1% populacji glebowych mikroorganizmów może być izolowana przy użyciu tradycyjnych metod laboratoryjnych. Bakterie glebowe zawierają zaś ogromną ilość informacji genetycznej, która dotąd była niedostępna klasycznymi metodami mikrobiologicznymi. Stąd też nowoczesne techniki biologii molekularnej są coraz częściej wykorzystywane do badania populacji bakterii w środowisku glebowym. To właśnie izolacja i analiza DNA łącznie z coraz bardziej precyzyjnymi technikami molekularnymi (np. PCR i jego odmiany, CLPP, PLFA, DGGE, FISH) stanowią obecnie podstawowe i jakże ważne narzędzia badawcze, przybliżające nas do dokładniejszego poznania środowiska życia i różnorodności drobnoustrojów. W pracy przedstawiono przegląd najbardziej popularnych metod molekularnych stosowanych w oznaczeniach glebowego DNA, celem których jest pozyskanie produktu jak najlepszej jakości, umożliwiającego identyfikację mikroorganizmów glebowych. Wybór metody molekularnej należy jednakże dostosować do problemu, który chcemy rozwiązać: wykrywanie, identyfikacja, różnicowanie, badania taksonomiczne. Nie bez znaczenia są także aspekty techniczne: stopień trudności analizy, doświadczenie, zaplecze badawcze, koszty stosowanej metody. Prezentacja zarówno zalet jak i wad, a także najbardziej powszechnych zastosowań różnych metod analitycznych powinna być pomocna i stanowić ukierunkowanie dla badaczy stojących przed wyborem właściwej techniki analizy glebowego DNA.